近年、細菌の分類は、細菌のリボソームを構成する小型のサブユニット（16S）に存在するRNAをコードする遺伝子（16S rRNA遺伝子）の塩基配列の比較による系統的な分類が主流となっています。このような分類手法による解析の結果、新たな菌属や菌種が報告されたり、菌属名や菌種名が変更、抹消されたりと著しく変貌しています。これらを整理することは、腸内菌叢の生態や機能の解明に不可欠です。

現在、すべての細菌はArchaeaドメインの5つの門（Phylum）とBacteriaドメインの30の門に分類されています。このうち、ヒトの腸内に見られるのはArchaeaドメインでは１つの門（8菌種）とBacteriaドメインの11の門（957菌種）であり、中でもBacteriaドメインの４つの門（Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria,およびProteobacteria）だけでそのほとんどが占められるとされています。

分類手法の進展により多くの新菌属、新菌種が提唱されている一方で、消化管内で培養可能な細菌は全体の20～40%とも言われています。分子生物学的研究で報告されている腸内細菌の多くは難培養、難検出のため未分類となり、その存在は、腸内菌叢と宿主との関連を究明する上で障害となります。これらの細菌の新たな分離手法の成果が期待されています。